一六四四部队对外称“中支那防疫给水部”，亦称“多摩部队”，是日军在华中地区设立的重要细菌部队。

1939年4月，七三一部队首任部队长石井四郎来到南京，亲自筹建一六四四部队本部，并兼任首任部队长，本部设于原南京中央医院旧址。据一六四四部队留守名簿记载，该部队总人数规模超过2700人。

一六四四部队平面图

南京大学历史学院副教授吕晶长期关注一六四四部队相关研究。该部队成立初期深受七三一部队的影响，带有鲜明的“石井基因”，继任及骨干军医与技术人员多数抽调自哈尔滨的七三一部队，所使用的实验设备、研究的菌株菌种与实验方法也基本沿袭自七三一部队。

南京作为战略要地，其湿热气候与密集人口，为细菌武器实验提供了与东北迥异的环境条件。地理位置与气候特点促使该部队在职能上更侧重于实战化应用，进而成为日军细菌战体系中兼具战略价值与战术针对性的关键组成部分。

一六四四部队与日军华中派遣军密切协同，曾多次参与实施细菌战。在1940年的宁波、1941年的常德以及1942年的浙赣战役期间，该部队与七三一部队协同作战，使用跳蚤及受污染的水源和食物等手段传播病菌，造成大规模平民死亡。

此外，该部队还致力于病媒昆虫武器化研究，大规模培育跳蚤、蚊子等媒介生物，用于传播鼠疫等疾病。其危害不仅限于战时死亡，还留下战后长期的流行病隐患和社会创伤。

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