1949年以后，汤一介的思想里有了一种错觉，他认为真理并不是太遥远，他完全接受了马克思列宁主义，1949年5月，汤一介参加了新民主主义青年团，同年11月参加了中国共产党。那时他的希望是“自己能像伏契克那样，热爱生活、热爱人类、热爱自己的理想事业”。

“文化大革命”开始之后，汤一介和冯友兰等北大哲学系的教员都遭受批判，但当时的汤一介并没有质疑这场史无前例的运动。“文革”十年，汤一介正值“不惑之年”，但事实上这却是他一生中最迷惑的十年，他感觉自己已经失去自我，没有了方向。尽管汤一介和乐黛云夫妇想尽量避开一个接一个的政治斗争，但似乎总也摆脱不了。“文革”结束后，汤一介还因为种种原因，必须接受清查，直到1978年他才被彻底平反，而此时的汤一介已经51岁了。

1980年，汤一介终于恢复了在北大讲课的资格，此时的汤一介已经不愿再与任何政治有任何瓜葛。他努力将教学研究与现实政治脱钩，并力求提出一套新的观点来。他率先把中国传统哲学作为认识史来思考，并以真善美概念为基础，综合各家所言，建构出一套中国哲学理论体系。进入九十年代，汤一介提出了“和而不同”、“普遍和谐”、“内在超越”、“中国解释学”、“新轴心时代”等一系列新问题，推动文化界对传统哲学的大讨论。其中，他提出的传统哲学应“走出中西古今之争”，促进了中国传统哲学与现代相结合。

汤一介先生著作丰厚，学术专著有《郭象与魏晋玄学》、《早期道教史》、《魏晋南北朝时期的道教》、《中国传统文化中的儒道释》、《儒道释与内在超越问题》、《儒教、佛教、道教、基督教与中国文化》（Confucianism，Buddhism，Taoism，Christianity and Chinese Culture）等，在国内外哲学界产生很大影响，为哲学研究史上不可不读的著作；学术随笔《在非有非无之间》、《汤一介学术文化随笔》、《非实非虚集》、《昔不至今》、《郭象》、《当代学者自选文库：汤一介卷》、《佛教与中国文化》、《生死》、《和而不同》、《我的哲学之路》、《LaMort》等，笔墨清新隽永；主编《20世纪西方哲学东渐史》丛书，第一次系统、完整地展示了20世纪西方哲学东渐的百年历程，被张岱年先生称为是“一项贯通中西哲学视野的难得的学术工程”；2003年更是以耄耋之年发起并主持儒藏工程，一年间组织20多所高校两三百位学者投入此项工程，工程第一部分是包括500本9700多卷1.5亿字儒家典籍的《儒藏》精华本，第二部分《儒藏》大全本将收入5000部10亿字儒家典籍。此外还撰写有学术论文二百余篇。